Los polígonos de fondeo A (parcial) y D de la Bahía de Cadaqués, gestionados por SOTAMAR, se encuentran ubicados sobre un fondo marino constituido principalmente por praderas de Posidonia oceánica.
La Posidonia oceánica es una planta superior adaptada a la vida en el mar y es una especie protegida por la Generalitat de Cataluña, el Gobierno de España y la Unión Europea, por su importancia ecológica en el Mediterráneo.
Para minimizar el impacto ambiental que los polígonos de fondeo ocasionan sobre el medio ambiente marino, SOTAMAR está ejecutando un plan de aplicación de medidas correctoras, substituyendo (siempre que sea posible) los sistemas de fondeo tradicionales por sistemas de fondeo de bajo impacto ambiental, siguiendo las directrices marcadas por el Ayuntamiento de Cadaqués (Servicios Marítimos), por el Servicio de Costas de la Dirección General de Ordenación del Territorio (GENCAT) y por la Dirección General de Pesca y Asuntos Marítimos (GENCAT).